Gmina Mikołajki is an urban-rural gmina (administrative district) in Mrągowo County, Warmian-Masurian Voivodeship, in northern Poland.

Its seat is the town of Mikołajki, which lies approximately 21 kilometres (13 mi) east of Mrągowo and 72 km (45 mi) east of the regional capital Olsztyn.

The gmina contains part of the protected area called Masurian Landscape Park.

Apart from the town of Mikołajki, Gmina Mikołajki contains the villages and settlements of Baranowo, Cimowo, Cudnochy, Dybowo, Faszcze, Górkło, Grabek, Grabnik, Grabnik Mały, Grabówek, Grabówka, Inulec, Jora Mała, Jora Wielka, Kolonia Mikołajki, Kulinowo, Lelek, Lisiny, Lisunie, Lubiewo, Łuknajno, Łuknajno-Leśniczówka, Małaszewo, Mateuszek, Nadawki, Nowe Sady, Olszewo, Osa, Prawdowo, Pszczółki, Sady, Śmietki, Śmietki Małe, Stawek, Tałty, Tałty SHR, Urwitałt, Woźnice, Zełwągi and Zielony Gaj.

Gmina Mikołajki is bordered by the gminas of Miłki, Mrągowo, Orzysz, Piecki, Pisz, Ruciane-Nida and Ryn.